ОБОБЩЕННАЯ хАРАКТЕРИСТИКА П0лИПЕПТИд0в ASPERGILLUS SPP., формирующих масс-спектр протеома при maldi-tof-масс-спектрометр(THE GENERALIZED CHARACTERISTIC oF ASPERGILLUS SPP. PoLYPEPTIDES, FoRMING mass-spectrum of proteome during maldi-tof-mass-spectrometry)

Рябинин И.А., лобачёва С.в. Ryabinin I.A., Lobacheva S.v.

Author address: 

НИИ медицинской микологии им П Н Кашкина, Северо-Западный государственный медицинский университет им И И Мечникова, Санкт-Петербург, Россия Kashkin Research Institute of Medical Mycology of North-West State Medical University named after I. I. Mechnikov, St. Petersburg, Russia

Abstract: 

Цель работы - ориентировочно идентифицировать полипептиды, соответствующие пикам в масс-спектрах протеома избранных видов рода Aspergillus, а также составить обобщенную характеристику их аминокислотного состава .

материалы и методы . Основой данной работы является банк масс-спектров культуральных экстрактов Aspergillus spp , собранный в НИИ медицинской микологии им . П . Н . Кашкина в 2013-2015 гг Для его комплектования из культур аспергиллов, полученных на жидкой среде Сабуро, выделяли белковые экстракты путем стадийной обработки этанолом, муравьиной кислотой и ацетонитрилом согласно общепринятому протоколу Масс-спектрометрическое исследование выполнили с использованием инструмента Autoflex speed TOF/TOF (Bruker Daltonics, Германия) . Из банка масс-спектров культуральных экстрактов Aspergillus spp (N=374) выбрали масс-спектры A. fumigatus, A. nidulans, A. oryzae, A. clavatus и A. terreus, отличающиеся наивысшими значениями показателей достоверности идентификации и отношения интенсивности пиков к интенсивности шума . С помощью биоинформационных ресурсов TagIdent и BLAST по величинам m/z (Mr) пиков определили наиболее вероятные соответствующие им белки и пептиды, их функциональную принадлежность, а также первичную структуру Расчет аминокислотного состава выполнили в LibreOffice Calc

Результаты . Удалось идентифицировать следующее количество полипептидов для отдельных видов аспергиллов: A. fumigatus -    42; A. terreus - 16; A. clavatus - 36; A. nidulans - 66; A. oryzae - 17 . Среди них оказались белки и пептиды митохондриальной, ядерной, рибосомальной и иной клеточной локализации как структурные, так и ферментативные . Среднее содержание групп аминокислот с различными типами радикалов у всех видов оказалось сходным и составило для кислот с неполярным радикалом 46,2-48,9%; для кислот с полярным незаряженным радикалом - 26,4-30,0%; для кислых аминокислот - 9,9-13,4%; для щелочных аминокислот - 11,9-15,0%. Получены следующие диапазоны величин, отражающих среднее удельное содержание аминокислот в идентифицированных полипептидах (наименьшее и наибольшее значение по всем видам аспергиллов): аланин 7,6-10,0%; цистеин 1,7-3,8%; аспартат 4,95,9%; глутамат 5,0-7,6%; фенилаланин 3,2-4,0%; глицин 6,7-8,0%; гистидин 1,8-2,5%; изолейцин 4,0-5,2%; лизин 5,1-6,9%; лейцин 7,48,1%; метионин 2,1-3,2%; аспарагин 3,5-5,9%; пролин 5,2-6,1%; глутамин 3,5-4,8%; аргинин 4,6-6,4%; серин 7,3-8,8%; треонин 5,0-6,9%; валин 6,1-7,5%; триптофан 0,8-1,6%; тирозин 1,8-3,2% Селеноци-стеина в составе полипептидов не выявили

Заключение . Данное исследование является, вероятно, од-ной из ранних попыток применения биоинформационных методов анализа для определения особенностей аминокислотного состава полипептидов без их предварительного разделения . Полученные сведения о соответствиях отдельных консервативных пиков масс-спектра определенным полипептидам, как мы ожидаем, в будущем можно экстраполировать на виды аспергиллов, для которых еще не провели полное ДНК-секвенирование генома .

2016

Full conference title: 

All-Russian Scientific Conference of Medical Microbiology and Clinical Mycology (XIX Kashkin Readings)
    • All Russian CMMCM XIX